E' l'organo di indirizzo e controllo dell'Ente. Viene nominato dal Ministro dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare. E' composto, oltre che dal Presidente, da 8 membri:
N. 1 in rappresentanza dell'I.S.P.R.A. (Istituto Superiore per la Ricerca Applicata)
N. 1 in rappresentanza del Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare,
N. 1 in rappresentanza del Ministro delle Politiche Agricole e Forestali,
N. 1 in rappresentanza delle Associazioni di protezione ambientale,
N. 4 in rappresentanza della Comunità del Parco.
Il Consiglio direttivo elegge al proprio interno un Vice Presidente.
I compiti e le funzioni del Consiglio Direttivo sono definite oltre che dalla Legge Quadro sulle Aree Protette, dallo Statuto e dai Regolamenti dell'Ente.